Das KOEN Institut betreut neben der Lehre im ersten Jahr des Architekturstudiums und diversen Wahlfächern auch Masterarbeiten. Die Masterarbeit bildet gemeinsam mit einer Diplomprüfung, die sich aus Präsentation und Verteidigung des eigenen Projekts zusammensetzt, den Abschluss des Architekturstudiums. Ziel einer Diplomarbeit ist die Erarbeitung einer sowohl theoretischen Analyse als auch eines praktischen Teils - einem Entwurf - zu einem von den Studierenden selbst gewähltem Themenfeld, wie einem Neubau oder Bauen im Bestand.